El deporte federado en el colegio se coordina desde la Sección Deportiva El Pilar. Desde que en el curso 1981-1982 se crea legalmente la Asociación Deportiva El Pilar, precursora de la actual Sección deportiva, el Club El Pilar nace para «desligar nuestra actividad de la vida colegial, aunque entroncada a ella».
El colegio tiene equipos compitiendo actualmente en los deportes de fútbol sala, baloncesto, balonmano, gimnasia rítmica, patinaje y atletismo, en prácticamente todas las categorías, desde Benjamines hasta Senior.
La SD El Pilar es la encargada de:
- Fomentar la práctica deportiva en el colegio.
- Impulsar los valores educativos del deporte velando por el cumplimiento de los principios educativos tanto entre entrenadores, deportistas y padres.
- Así mismo impulsar la participación en las competiciones deportivas propuestas en sus diferentes categorías.
- Aprobar la propuesta de los coordinadores deportivos los objetivos para cada temporada deportiva.
- Ejercer el control económico de esta actividad, junto con el Responsable de Deportes y el Gerente del colegio. Buscar que toda la organización deportiva sea estable y mantenga una sostenibilidad económica con ingresos provenientes de las cuotas de los participantes, ingresos de entidades privadas colaboradoras.
- Proponer mejoras en las instalaciones deportivas.
- Fomentar un plan de formación para los entrenadores de cada una de las secciones.
- Decidir las medidas disciplinarias. El presidente de la misma hasta ahora recae sobre la figura del director general del centro, ejerciendo el Responsable de deportes como director técnico. También la Junta cuenta con la presencia de profesores del Centro, antiguos jugadores y padres de deportistas. Hay un representante del APA que ejerce de nexo informativo entre las dos asociaciones. La composición y cargos de la misma la pueden encontrar en la página web de las SD.